Lên ngôi vua, thành lập nhà Mạc
Tháng 4 năm 1527, Lê Cung Hoàng sai đình thần cầm cờ tiết đem kim sách, áo mão thêu rồng đen, đai dát ngọc, kiệu tía, quạt vẽ, lọng tía đến Cổ Trai, tấn phong Mạc Đăng Dung làm An Hưng vương, gia thêm cửu tích. Tháng 6 năm 1527, Mạc Đăng Dung từ Cổ Trai trở lại kinh đô ép Lê Cung Hoàng nhường ngôi. Sử gia Lê Quý Đôn chép: “lúc này thần dân phần nhiều xu hướng về Đăng Dung, đều ra đón về kinh đô”.
Ngày 15 tháng 6, năm 1527,các quan đã đứng vào ban chầu nhưng chưa có chiếu nhường ngôi. Các quan bảo Thượng thư Trương Phu Duyệt khởi thảo, Phu Duyệt trừng mắt mắng rằng:Thế là nghĩa gì? Lại bảo Đông các đại học sĩ Nguyễn Văn Thái soạn tờ chiếu, nội dung như sau: “Nghĩ Thái Tổ ta, thừa thời cách mệnh, có được thiên hạ, các vua truyền nhau, nối giữ cơ đồ, là do mệnh trời lòng người cùng hợp, cùng ứng nên mới được thế. Cuối đời Hồng Thuận, gặp nhiều tai hoạ, Trần Cảo đầu têu gây mầm loạn ly, Trịnh Tuy giả trá lập kế phản nghịch. Lòng người đã lìa, mệnh trời không giúp. Khi ấy thiên hạ đã không phải là của nhà ta. Ta không có đức, lạm giữ ngôi trời, việc gánh vác không kham nổi. Mệnh trời lòng người đều theo về người có đức. Xét Thái sư An Hưng Vương Mạc Đăng Dung nhà ngươi, bẩm tính thông minh, sáng suốt, có tài lược văn võ. Bên ngoài đánh dẹp bốn phương, các nơi đều phục tùng; bên trong coi sóc trăm quan, mọi việc đều tốt đẹp. Công to đức lớn, trời cho người theo. Nay ta cân nhắc lẽ phải, nên nhường ngôi cho. Hãy gắng sửa đức lớn, giữ mãi mệnh trời để ức triệu dân lành được yên vui. Mong kính theo đó”.
Bấy giờ triều thần có Vũ Duệ, Ngô Hoán, quan Đô ngự sử là Nguyễn văn Vận, quan Hàn lâm hiệu lý là Nguyễn Thái Bạt, quan Lễ bộ thượng thư là Lê Tuấn Mậu, quan Lại bộ thượng thư là Đàm thận Huy, quan Tham chính sứ là Nguyễn duy Tường, quan Quan sát sứ là Nguyễn Tự Cường, tước Bình hồ bá là Nghiêm Bá Ký, quan Đô ngự sử là Lại kim Bảng, quan Hộ bộ thượng thư là Nguyễn Thiệu Tri, quan Phó Đô-ngự-sử là Nguyễn Hữu Nghiêm, quan Lễ-bộ tả Thị-Lang là Lê Vô Cương đều là người khoa giáp, người thì nhổ vào mặt Mạc Đăng Dung hay là lấy nghiên mực đập vào mặt, hay chửi mắng, đều bị Đăng Dung giết đi. Có người thì theo vua cũ không kịp, nhảy xuống sông mà chết, người thì quay đầu về Lam Sơn lạy rồi tự tử. Mạc Đăng Dung lên ngôi, tức là vua Mạc Thái Tổ. Ông chính thức lập ra nhà Mạc.
Cai trị
Chính trị- Kinh tế
Ngày 15 tháng 6 năm 1527, Mạc Đăng Dung xưng Hoàng đế, ban lệnh đại xá thiên hạ, đổi niên hiệu là năm Minh Đức thứ nhất; phế truất vua Cung Hoàng làm Cung Vương, giam cùng Thái hậu. Vài tháng sau Mạc Đăng Dung ép cả hai phải tự tử, họ chết rồi Đăng Dung sai mang xác người phơi ở quán Bắc Sứ, sau đem chôn ở lăng.
Vào tháng 6, Đăng Dung vào kinh thành, ngự nơi chính điện, tế trời ở đàn Nam giao, dựng tôn miếu, lấy Hải Dương làm Dương Kinh, lập cung điện ở Cổ Trai; truy tôn miếu hiệu, xây dựng mộ phần, cho tổ tiên họ Mạc. Lập con trai là Mạc Đăng Doanh làm Thái tử, phong em trai là Quyết làm Tín vương, truy phong em trai là Đốc làm Tín vương, 3 em gái đều phong công chúa, lấy ngày sinh nhật của mình làm ngày Càn Ninh khánh tiết. Đăng Dung dựng thêm một ngôi điện để ở, gọi là điện Phúc Huy, tại phía Tây điện Hưng Quốc ở Dương Kinh, phong cho một người tôn thất họ Mạc làm Tĩnh quốc công, trung quan Nguyễn Thế Ân làm Ly quốc công để giúp rập.
Lúc này thần dân thất vọng, cả nước hoang mang, Đăng Dung sợ lòng người nhớ vua cũ, để lại sinh biến, nên phải tuân giữ pháp độ của nhà Lê, không dám thay đổi, phủ dụ thần dân, trấn áp lòng người, che bịt mắt tai họ. Lại lập mưu tìm con cháu các nhà thế gia công thần, những người ấy phần nhiều chạy vào rừng núi, phần ẩn náu không chịu ra, kẻ tụ tập làm cướp, kẻ ra nước ngoài làm quan.
Năm 1528, Mạc Đăng Dung muốn đổi tiền làm chính lệnh mới, bèn sai đúc tiền Thông Bảo theo cách đúc tiền cũ, nhưng phần nhiều không thành. Sau lại đúc các loại tiền gián pha kẽm và sắt ban hành các xứ trong nước để thông dụng. Lấy Nguyễn Quốc Hiến làm Phò mã đô úy thái bảo Lâm quốc công, ban cho họ Mạc; Mạc Quốc Trinh làm Thái sư Lâm quốc công, Mạc Đình Khoa làm Tả đô đốc Khiêm quận công, Thiếu bảo Thông quận công Nguyễn Thì Ung, Lai quận công Trần Phỉ, Thuần Khê hầu Khuất Quỳnh Cửu,...gồm 56 người đều được thăng trật, ban tước có thứ bậc khác nhau.
Tháng 10, 1528, Đăng Dung cho là sau khi bình yên, chế độ dần dần lỏng lẻo, ý muốn đổi thay chấn chỉnh lại, liền sai bề tôi là Nguyễn Quốc Hiến bàn định binh chế, điền chế, lộc chế và đặt bốn vệ Hưng quốc, Chiêu vũ, Cảm y, Kim ngô, năm phủ, các vệ sở trong ngoài, các ty sở thuộc, hiệu ty, tên quan và số lại viên, số người, số lính của các nha môn, phỏng theo quan chế triều trước. Lấy quân trấn giữ xứ Hải Dương cho lệ thuộc vào vệ Hưng quốc, quân trấn giữ xứ Sơn Nam lệ thuộc vào vệ Chiêu vũ, quân trấn xứ Sơn Tây lệ thuộc vào vệ Cẩm y, quân trấn xứ Kinh Bắc lệ thuộc vào vệ Kim ngô. Phân bổ các ty, mỗi ty đặt 1 viên chỉ huy sứ, 1 viên chỉ huy đồng tri, 1 viên chỉ huy thiêm sự, 10 viên trung hiệu, 1100 trung sĩ, chia thành 22 phiên để túc trực. Nếu có công lao thì bổ lên chức thiên hộ, thống chế, quản lĩnh, trung úy. Mỗi vệ đặt 1 viên thư ký, dùng hạng ký lục xuất thân khi trước, như là bổ các chức thủ lĩnh mục dân. Còn các trung sĩ thì theo lệ chia phiên, mỗi phiền thành 5 giáp,mỗi giáp đặt một viên giáp thủ, quan bản ty chọn lấy hạng trung hiệu người nào đích đáng thì làm bản đưa lên để thăng bổ. Đăng Dung lại mở khoa thi cử nhân, lấy Đỗ Tông và 27 người trúng tuyển.
Mùa đông năm 1529, Mạc Đăng Dung đã làm vua được 3 năm, tự thấy mình tuổi già, bèn truyền ngôi cho con trưởng Đăng Doanh, tự xưng là Thái Thượng hoàng, ra ở điện Trường Quang, coi nghề đánh cá là thú ngao du tự lạc. Theo sử gia Lê Quý Đôn, Đăng Dung về Cổ Trai ở là để trấn giữ nơi căn bản, làm ngoại viện cho con nhưng vẫn quyết định những việc trọng đại. Đăng Doanh lên làm Hoàng đế, dựng cung điện nguy nga cho cha ở, mỗi tháng vào ngày 8, 22 dẫn bá quan tới triều yết.
Năm 1530, cháu ngoại họ Lê tên Lê Ý khởi binh ở Thanh Hóa chống lại họ Mạc, quân số vài vạn người, Mạc Đăng Dung tự thần cầm vài vạn quân thủy bộ giao chiến với Lê Ý ở sông Mã, quân Đăng Dung thường thua luôn, đành dẫn quân về, để Mạc Quốc Trinh ở lại chống giữ. Sau đó Mạc Đăng Doanh từ kinh sư dẫn quân vào, giao chiến với Lê Ý, lại bị đánh bại, dẫn quân trở về. Sau những chiến thắng, Lê Ý chủ quan, quân ít lương hết, đội ngũ rời rạc, Mạc Quốc Trinh nghe tin báo liền dẫn quân tinh nhuệ tập kích, bắt sống Lê Ý về kinh sư sai ngựa xé xác.
Lê Ý thất bại nhưng thổ tù các nơi vẫn không qui phục nhà Mạc, Nguyễn Kim đóng ở Ai Lao, anh em Trịnh Ngung, Trịnh Ngang chiếm cứ xứ Thái Nguyên; Vũ Văn Uyên chiếm xứ Tuyên Quang, các tướng này đều danh nghĩa phục quốc. Suốt một dải ven núi các xứ Thanh, Nghệ, Tuyên, Hưng đều không theo họ Mạc.
Năm 1531, Viên Bích khê hầu Lê Công Uyên, người huyện Lôi Dương, cháu của công thần thời vua Lê Thái Tổ là Lê Văn Linh khởi binh đánh vào cửa Chu Tước, bị thua phải chạy vào Thanh Hóa. Đăng Dung phát binh diệt trừ, Lê Công Uyên bị giết, xứ Thanh Hóa, Nghệ An binh hỏa liên miên, nhân dân lưu tán, vườn ruộng bỏ hoang.
Đến năm sau, lại mở khoa thi, lấy đỗ Nguyễn Thiến, Bùi Vinh, Ngô Sơn Khoái...tổng cộng 27 người tất cả. Năm 1535, mở khoa thi, lấy đỗ Nguyễn Bỉnh Khiêm tổng cộng 32 người; Năm 1538 mở khoa thi, lấy đỗ Giáp Hải, tổng cộng 36 người.
Ra lệnh cấm người các xứ trong, ngoài không được cầm giáo mác và dao nhọn, can qua, cùng những binh khí khác hoành hành trên đường đi. Ai vi phạm thì cho phép ty bắt giữ. Từ đấy, người buôn bán và kẻ đi đường đều đi tay không, ban đêm không còn trộm cướp, trâu bò thả chăn không phải đem về, chỉ cần mỗi tháng xem lại một lần, có khi sinh đẻ cũng không biết được là gia súc nhà mình. Trong khoảng vài năm, người đi đường không nhặt của rơi, cổng ngoài không phải đóng, được mùa liên tiếp, trong cõi tạm yên.
Ở Ai Lao, con nhà dòng dõi công thần của Nguyễn Đức Trung từ thời vua Lê Thái Tổ là An thanh hầu Nguyễn Kim, con của Nguyễn Hoằng Dụ và cháu của Nguyễn Văn Lang lập cháu của Lê Thánh Tông tên Lê Ninh lên làm minh chủ. Nguyễn Kim dẫn quân về Thanh Hóa, Đăng Dung mang quân đến đánh, bị thua to. Đến năm 1540 Mạc Đăng Doanh chết, Đăng Dung trở về Thăng Long, dựng cháu nội là Phúc Hải lên nối ngôi.
Ngoại giao với nhà Minh
Việc cắt đất lần thứ nhất
Sau khi lên ngôi được 1 năm, tức năm 1528, Mạc Đăng Dung sai người sang Yên Kinh báo với nhà Minh với nội dung là con cháu họ Lê không còn ai thừa tự nữa, dặn cho đại thần họ Mạc tạm trông coi việc nước, cai trị dân chúng. Vua Minh không tin, sai người dò la tin tức, ngầm lập con cháu họ Lê lên. Mạc Đăng Dung sai người trả lời bằng lời lẽ văn hoa, đem nhiều vàng bạc đút lót. Đến khi sứ giả nhà Minh về, mật tâu với vua Minh là con cháu nhà Lê đã hết, đã ủy thác cho họ Mạc, người trong nước đều theo phục cả. Vua Minh mắng sứ giả, Đăng Dung sợ vua Minh hỏi tội liền lập mưu cắt đất dâng nhân dân hai châu Quy, Thuận và hai tượng người bằng vàng, bạc cùng châu báu vật lạ. Vua Minh nhận, từ đó Bắc Nam thông hiếu đi lại.
Về việc cắt đất lần thứ hai
Năm 1529, bề tôi cũ của triều Lê là Trịnh Ngung, Trịnh Ngang sang nhà Minh tố cáo với nhà Minh việc họ Mạc. Mạc Đăng Dung đem nhiều vàng bạc đút lót để phá, việc không thành, hai anh em chết ở Trung Quốc. Năm 1533, An thanh hầu Nguyễn Kim lập vua Lê Trang Tông ở Ai Lao, sai Trịnh Duy Liêu vượt biển sang nhà Minh, Duy Liêu tâu rằng, Mạc Đăng Dung tiếm loạn, chiếm kinh thành ngăn trở đường đi nên từ lâu bỏ việc cống. Vua Minh hay tin, bèn sai Hàm Ninh hầu Cừu Loan làm tổng đốc quân vụ, Binh bộ thượng thư Mao Bá Ôn làm Tham tán quân vụ đem quân sang đóng gần cửa Nam Quan rồi truyền hịch đi mọi nơi, hễ ai bắt được cha con Mạc đăng Dung thì thưởng cho quan tước và hai vạn bạc. Lại sai người đưa thư sang cho Mạc Đăng Dung bảo phải đưa sổ ruộng đất nhân dân sang nộp và chịu tội, thì được tha cho khỏi chết. Năm 1536, Nguyễn Kim lại sai Trịnh Viên sang nhà Minh tâu trình. Năm 1538, triều Mạc sai Nguyễn Văn Thái sang nhà Minh dâng biểu xin hàng và xin được phân xử.
Theo Trần Trọng Kim trong sách Việt Nam sử lược: Việc định sang đánh họ Mạc không phải là vua nhà Minh có vị gì họ Lê, nhưng chẳng qua cũng muốn nhân lúc nước Nam có biến, lấy cớ mà sang làm sự chiếm giữ như khi trước sang đánh họ Hồ vậy. Ta phải biết rằng phàm những việc nước nọ giao thiệp với nước kia thì thường là người ta mượn tiếng "vị nghĩa" mà làm những việc "vị lợi" mà thôi.
Năm 1540, Mạc Đăng Doanh chết, Mạc Đăng Dung lập cháu Phúc Hải lên nối ngôi. Mùa đông, tháng 11, Mạc Đăng Dung cùng với cháu là Văn Minh và bề tôi là Nguyễn Như Quế, Đỗ Chế Khanh, Đặng Văn Tri, Lê Thuyên, Nguyễn Tổng, Tô Văn Tốc, Nguyễn Kinh Tế, Dương Duy Nhất, Bùi Trí Vĩnh, qua Trấn Nam Quan, mỗi người đều cầm thước, buộc dây ở cổ, đi chân không đến phủ phục trước mạc phủ của quân Minh quỳ gối, cúi đầu dâng tờ biểu đầu hàng, nộp hết sổ sách về đất đai, quân dân và quan chức cả nước để chờ phân xử, dâng các động Tê Phù, Kim Lặc, Cổ Sâm, Liễu Cát, An Lương, La Phù của châu Vĩnh An trấn Yên Quảng, xin cho nội thuộc vào Khâm Châu. Lại xin ban chính sóc, cho ấn chương, để kính cẩn coi giữ việc nước và chờ lệnh thay đổi hay quyết định khác. Lại sai Văn Minh và Nguyễn Văn Thái, Hứa Tam Tỉnh mang biểu đầu hàng sang Yên Kinh.
Tướng nhà Minh bèn xin với vua Minh ban cho lịch, cho ấn chương và bảo ông giữ cẩn thận để quyết định sau. Năm 1541, nhà Minh phong làm An Nam đô thống ty sứ, cho ấn bạc, vẫn cho thế tập. Còn 13 lộ cứ để tên cũ, đều lập phủ ty, đặt các chức như tuyên phủ, đồng tri, phó sứ và thiêm sự, cho chức đô thống sứ được cai quản, điều khiển và phải triều cống.
Cái chết
Sau khi từ biên giới để cắt đất trở về, ngày 22 tháng 8 năm 1541, Mạc Đăng Dung chết. Trước khi mất ông có để lại di chúc không làm đàn chay cúng Phật và khuyên Mạc Phúc Hải phải nhanh chóng về kinh sư để trấn an nhân tâm và xã tắc là trọng.